Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 25. - 35. kalendárny týždeň 2023 - Portál úradov
Aktuality
Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 25. - 35. kalendárny týždeň 2023
Od 25. do 35.kalendárneho týždňa 2023 bolo celkovo vyšetrených 106 vzoriek odpadovej vody z toho 77 (72,64 %) vzoriek bolo odoslaných na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).
Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ (z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.
Podľa aktualizácie ECDC k 21.9.2023 sú varianty do skupín zaradené nasledovne:
| VUM | Omicron: línia CH1.1 / línia XBB.1.16 / línia BA.2.86 (Pirola) |
| VOI | Omicron: línia BA.2.75 / línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L |
| VOC | - (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty) |
- do línie XBB.1.5+F456L patrí subvariant EG.5 (Eris) a rovnako tak aj subvariant FL.1.5.1 (Fornax)
Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.
Za sledované obdobie zo sledovaných variantov dominoval XBB (21,14 %), XBB.1.5. (19,65 %). Nasledovali BA.2.75 (3,02 %). Variant XBB.1.5 s mutáciou F456L bol zistený s podielom 2,83 %. Variant BA.2.86 nebol zistený ani v jednej vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom.
V posledných týždňoch výrazne dominuje variant XBB a XBB.1.5. V menšej miere bol zaznamenaný variant XBB.1.5. s mutáciou F456L a variant BA.2.75. Variant BA.2.86 nebol zachytený ani v posledných vzorkách.
Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:
Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)
Laboratórne spracovanie vzoriek:
- predanalytická časť: laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach, RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
- analytická časť: Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
- sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI
Vypracovanie monitorovacej správy: Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne