Monitoring odpadových vôd

Späť Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2: časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 31. kalendárny týždeň 2024

Vzhľadom k postupnému zvyšovaniu počtu kópií RNA vírusu SARS-CoV-2 v odpadových vodách bolo na prelome mesiacov júl/august opäť pristúpené k sekvenovaniu vyšetrovaných vzoriek za účelom získania prehľadu o cirkulujúcich variantoch a subvariantoch v populácii. V 31. kalendárnom týždni 2024 bolo celkovo vyšetrených 26 vzoriek odpadových vôd, z toho 21 (80,77 %) vzoriek bolo kvalitatívne vyhovujúcich požiadavkám sekvenačného procesu.

Od 25. kalendárneho týždňa 2023 do 31. kalendárneho týždňa 2024 bolo celkovo vyšetrených 401 vzoriek odpadových vôd, z ktorých bolo 322 (80,30 %) vzoriek analyzovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 v spolupráci s Vedeckým parkom Univerzity Komenského (VP UK).

Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.

ECDC priebežne aktualizuje zoznam sledovaných variantov vírusu SARS-CoV-2: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern

V 31. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov výrazne dominoval variant BA.2.86 (100 %). Variant XBB, variant XBB.1.5, variant XBB.1.5 s mutáciou F456L a variant BA.2.75 nebol zistený ani v jednej vzorke.

Zastúpenie variantov SARS-CoV2 v odpadových vodách na Slovensku v 33. kalendárnom týždni 2024

Zastúpenie variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách

Podiel variantov SARS CoV-2 v SR podľa kalendárnych týždňov

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Bratislavskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Trnavskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Nitrianskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Trenčianskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Žilinskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Banskobystrickom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Prešovskom kraji

Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:

Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)

Laboratórne spracovanie vzoriek:

  • predanalytická časť: laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach, RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
  • analytická časť: Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
  • sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI

Vypracovanie monitorovacej správy: Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne