Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2: časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 31. kalendárny týždeň 2024 - Portál úradov
Monitoring odpadových vôd
Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2: časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 31. kalendárny týždeň 2024
Vzhľadom k postupnému zvyšovaniu počtu kópií RNA vírusu SARS-CoV-2 v odpadových vodách bolo na prelome mesiacov júl/august opäť pristúpené k sekvenovaniu vyšetrovaných vzoriek za účelom získania prehľadu o cirkulujúcich variantoch a subvariantoch v populácii. V 31. kalendárnom týždni 2024 bolo celkovo vyšetrených 26 vzoriek odpadových vôd, z toho 21 (80,77 %) vzoriek bolo kvalitatívne vyhovujúcich požiadavkám sekvenačného procesu.
Od 25. kalendárneho týždňa 2023 do 31. kalendárneho týždňa 2024 bolo celkovo vyšetrených 401 vzoriek odpadových vôd, z ktorých bolo 322 (80,30 %) vzoriek analyzovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 v spolupráci s Vedeckým parkom Univerzity Komenského (VP UK).
Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.
ECDC priebežne aktualizuje zoznam sledovaných variantov vírusu SARS-CoV-2: https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern
V 31. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov výrazne dominovala súblínia JN.1, ktorá je súčasťou subvariantu Omicron BA.2.86, táto tvorila 100%. Variant Omicron - KP3, ktorého nástup sa očakáva, zatiaľ v analyzovaných vzorkách nebol zistený. Rovnako neboli v žiadnej vzorke stanovené v minulosti zisťované subvarianty: subvariant XBB, subvariant XBB.1.5, subvariant XBB.1.5 s mutáciou F456L a subvariant BA.2.75.
Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:
Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)
Laboratórne spracovanie vzoriek:
- predanalytická časť: laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach, RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
- analytická časť: Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
- sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI
Vypracovanie monitorovacej správy: Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne