Sekretariát
zabezpečuje v celom rozsahu práce pre RH a GTSÚ
Referát zdravotníckej informatiky a štatistiky
koordinuje a metodicky usmerňuje organizačné útvary RÚVZ v otázkach evidencie, zabezpečenia dátovej kompatibility, informačných tokov, rešpektovania noriem a štandardov výmeny informácií
Referát kontroly
vedie z poverenia RH a GTSÚ kontrolné akcie úradu
Referát právny
právne zastupovanie v konaní pred súdmi SR a ostatnými orgánmi