Monitoring odpadových vôd

Späť Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 9. kalendárny týždeň 2024

Vzhľadom k tomu, že odchádza k poklesu počtu kópií RNA vírusu SARS-CoV-2 v odpadových vodách bolo v  9. kalendárnom týždni 2024 celkovo vyšetrených 24 vzoriek odpadovej vody, z toho iba 7 (29,17 %) vzoriek bolo vyhovujúcich k sekvenácii a úspešne osekvenovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2  a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Od 25. kalendárneho týždňa 2023 do 9. kalendárneho týždňa 2024 bolo celkovo vyšetrených 375 vzoriek odpadovej vody, z toho 301 (80,27 %) vzoriek bolo vyšetrených na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK). 

Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.

Podľa aktualizácie ECDC k 16.2.2024 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):
 

VUM Omicron: línia XBB.1.5+L455F+F456L / línia BA.2.87.1
VOI  Omicron: línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L / línia BA.2.86 (Pirola)
VOC  -  (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty)

- línia XBB.1.5+F456L zahŕňa subvariant EG.5(Eris, vrátane HV.1), subvariant FL.1.5.1 (Fornax), subvariant XBB.1.16.6 a aj FE.1 
- línia BA2.86 zahŕňa subvariant JN.1

Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.

V 9. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov výrazne dominoval variant BA.2.86 (100 %). Variant XBB, variant XBB.1.5, variant  XBB.1.5 s mutáciou F456L a variant BA.2.75 nebol zistený ani v jednej vzorke. 

graf 1

graf 2

graf 3

graf 4

graf 5

graf 6

graf 7

graf 8

graf 9

graf 10

graf 11

 

Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:
Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)
Laboratórne spracovanie vzoriek: 

  • predanalytická časť:  laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach,  RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
  • analytická časť:  Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
  • sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI

Vypracovanie monitorovacej správy:  Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne