Aktuality

Späť Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 3. kalendárny týždeň 2024

V 3. kalendárnom týždni 2024 bolo celkovo vyšetrených 24 vzoriek odpadovej vody, z toho 24 (100%) vzoriek bolo úspešne osekvenovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2  a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Od 25. kalendárneho týždňa 2023 do 3. kalendárneho týždňa 2024 bolo celkovo vyšetrených 307 vzoriek odpadovej vody, z toho 258 (84,04%) vzoriek bolo vyšetrených na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.

Podľa aktualizácie ECDC k 5.1.2024 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):

VUM Omicron: línia DV.7.1/ línia XBB.1.5+L455F+F456L
VOI  Omicron: línia BA.2.75 / línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L/ línia BA.2.86 (Pirola)
VOC  -  (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty)

- do línie XBB.1.5+F456L patrí subvariant EG.5 (Eris) a rovnako tak aj subvariant FL.1.5.1 (Fornax), subvariant XBB.1.16.6 a FE.1

Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.

V 3. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov dominoval variant BA.2.86 (71,94%), variant XBB.1.5 (10,28%), variant  XBB.1.5 s mutáciou F456L (9,42%), variant XBB (5,51%). Variant BA.2.75 nebol zistený ani v jednej vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom, tvorili podiel 2,63 %.

Zastúpenie variantov SARS-CoV2

Zastúpenie variantov SARS-CoV2 podľa krajov

V poslednom týždni výrazne dominuje variant BA.2.86, nasleduje variant XBB.1.5, variant XBB.1.5 s mutáciou F456L a variant  XBB. Variant BA.2.75 a variant nebol zachytený vo  vzorkách z 3. kalendárneho týždňa.

Podiel variantov SARS CoV-2 v SR podľa kalendárnych týždňov

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Bratislavskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Trnavskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Trenčianskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Žilinskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Nitrianskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Banskobystrickom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Prešovskom kraji

Prehľad zachytených variantov SARS-CoV-2 v odpadových vodách v Košickom kraji

Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:

Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)

Laboratórne spracovanie vzoriek:

  • predanalytická časť:  laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach,  RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
  • analytická časť:  Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
  • sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI

Vypracovanie monitorovacej správy:  Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne