Monitoring odpadových vôd

Späť Monitoring odpadovej vody na prítomnosť vírusu SARS-CoV-2 časť sekvenácia pozitívnych vzoriek za 41. kalendárny týždeň 2023

V 41. kalendárnom týždni 2023 bolo celkovo vyšetrených 15 vzoriek odpadovej vody, z toho 15 (100 %) vzoriek bolo úspešne osekvenovaných k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov SARS-CoV-2  a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Od 25. do 41. kalendárneho týždňa 2023 bolo celkovo vyšetrených 153 vzoriek odpadovej vody, z toho 117 (76,47 %) vzoriek bolo vyšetrených na sekvenáciu k určeniu cirkulujúcich variantov a subvariantov  SARS-CoV-2 a odoslaných do Vedeckého parku Univerzity Komenského (VP UK).

Podľa Európskeho centra pre prevenciu a kontrolu ochorení (ECDC) rozlišujeme pri SARS-CoV-2 tzv. „sledované varianty“ ( z angl. variant under monitoring, VUM), „varianty záujmu“ (z angl. variant of interest, VOI) a „varianty znepokojenia“(z angl. variant of concern, VOC). Klasifikácia variantov slúži ako významný komunikačný nástroj na upozornenie krajín Európskej únie a Európskeho hospodárskeho priestoru na výskyt variantov, ktoré môžu mať vplyv na epidemiologickú situáciu.

Podľa aktualizácie ECDC k 20.10.2023 sú varianty do skupín zaradené nasledovne (https://www.ecdc.europa.eu/en/covid-19/variants-concern):

VUM Omicron: línia XBB.1.16/ línia BA.2.86 (Pirola)/ línia DV.7.1/ línia XBB.1.5+L455F+F456L
VOI Omicron: línia BA.2.75 / línia XBB.1.5 / línia XBB.1.5+F456L
VOC -       (do tejto kategórie v súčasnosti nie sú zaradené žiadne varianty)

- do línie XBB.1.5+F456L patrí subvariant EG.5 (Eris) a rovnako tak aj subvariant FL.1.5.1 (Fornax),  subvariant XBB.1.16.6 a FE.1

Vzorka odpadovej vody je na rozdiel od vzorky pacientskej komplexnejšia – zmes rôznych variantov, rozdielna kvalita vzorky, a iné, čo znamená, že nie je vždy možné aj najmodernejšími dostupnými sekvenačnými metódami detailnejšie rozlíšiť varianty vo vzorkách.

V 41. kalendárnom týždni zo sledovaných variantov dominoval variant XBB.1.5 s mutáciou F456L (52,47 %) a variant XBB (23,61 %). Nasledoval variant  XBB.1.5, ktorý bol zistený s podielom 15,78 %. Variant BA.2.75 a BA.2.86 nebol zistený ani v jednej  vzorke. Medzi „Other“ patria mutácie, ktoré nepatria k sledovaným variantom, tvorili podiel 7,72 %.

V poslednom týždni výrazne dominuje variant XBB.1.5 s mutáciou F456L. V menšej miere bol zaznamenaný variant XBB, XBB.1.5. Variant BA.2.75 a BA.2.86 nebol zachytený vo  vzorkách zo 41. kalendárneho týždňa.

Na monitoringu odpadovej vody SARS-CoV-2 sa podieľajú:

Odber vzoriek odpadových vôd: oddelenia epidemiológie/oddelenia hygieny životného prostredia a zdravia na všetkých RÚVZ v SR a zamestnanci Bratislavskej vodárenskej spoločnosti (BVS)

Laboratórne spracovanie vzoriek:

  • predanalytická časť:  laboratóriá na RÚVZ v Banskej Bystrici, RÚVZ v Prešove, RÚVZ v Nitre, RÚVZ v Košiciach,  RÚVZ v Trenčíne, ÚVZ SR v Bratislave
  • analytická časť:  Národné referenčné centrum pre mikrobiológiu životného prostredia ÚVZ SR v Bratislave
  • sekvenácia a bioinformatická analýza: VP UK a CVTI

Vypracovanie monitorovacej správy:  Odbor epidemiológie RÚVZ v Trenčíne