Odbor LM zabezpečuje najmä tieto činnosti

• vykonáva  nadstavbovú mikrobiologickú diagnostiku vybraných nákaz, zavádza a aplikuje nové progresívne molekulárno-biologické metódy do laboratórnej praxe, v zmysle nových diagnostických štandardov odporúčaných SZO a ECDC, čím  prispieva ku zvyšovaniu kvality preventívnych programov,
• zabezpečuje v spolupráci s odborom epidemiológie realizáciu Imunizačného  programu v Slovenskej republike a vykonáva celoslovenskú laboratórnu  surveillance chrípky a chrípke podobných ochorení, poliomyelitídy a poliomyelitídu napodobňujúcich ochorení (ACHO),  meningokokových invazívnych infekcií, salmonelóz, osýpok, rubeoly, parotitídy, arbovírusov a hemoragických horúčok, vedie celoslovenskú databázu rezistencie mikroorganizmov na antibiotiká,
• podieľa sa na riešení programov a projektov verejného zdravotníctva a prioritných úloh MZ SR,
• zabezpečuje medzinárodnú spoluprácu vrátane požadovaných analýz a hlásení do regionálnych pracovísk špecifických sietí EÚ a SZO,
• metodicky a odborne usmerňuje a koordinuje ostatné regionálne úrady verejného   zdravotníctva v SR pri plnení celoštátnych aj medzinárodných programov  v ochrane a podpore zdravia,
• realizuje úlohy a odporúčania SZO a EK pri eliminácii, eradikácii a kontrole závažných infekčných ochorení,
• zabezpečuje prípravu bunkových kultúr pre spolupracujúce pracoviska na RÚVZ so sídlom v  Banskej Bystrici a Košiciach,
• poskytuje odborné informácie, konzultácie a  školiace akcie v diagnostických metódach,
• zabezpečuje prezentáciu výsledkov práce jednotlivých NRC formou prednášok, publikácií a účasťou na odborných podujatiach, organizovaním Konzultačných dní.

Činnosť jednotlivých pracovísk odboru:

NRC pre poliomyelitídu zabezpečuje najmä tieto činnosti

• surveillance poliomyelitídy a poliomyelitídu napodobňujúcich ochorení (ACHO),
• sledovanie cirkulácie poliovírusov (PV)  a non-polio enterovírusov (NPEV) vo vonkajšom prostredí,
• vykonáva izoláciu a identifikáciu vírusových izolátov v rámci surveillance poliomyelitídy, polomyelitídu napodobňujúcich ochorení,
• vykonáva izoláciu a identifikáciu vírusových izolátov v rámci environmentálnej surveillance,
• zabezpečuje vyšetrovanie biologického materiálu od pacientov so širokým spektrom klinických diagnóz izoláciou na bunkových kultúrach,
• zabezpečuje enterovírusovú (EV) surveillance v západoslovenskom regióne,
• zabezpečuje laboratórnu nadstavbovú diferenciálnu diagnostiku vírusových hepatitíd A, B, C,
• zabezpečuje laboratórnu nadstavbovú diagnostiku vírusových infekcií gastrointestinálneho traktu- Rotavírusy, Adenovírusy, Norovirusy (Norwalk-like), Astrovírusy imunochromatografickými metódami, enzýmovou imunoanalýzou a PCR,
• vykonáva dôkaz sekrečných a včasných protilátok proti EV infekciám metódou EIA a dôkaz vírusneutralizačných protilátok voči EV,
• sleduje imunitný stav populácie v danej problematike (imunologické prehľady),
• zavádza nové metodiky do laboratórnej praxe podľa odporúčaní Regionálneho referenčného laboratória  v Helsinkách a Regionálnej úradovne SZO v Kodani,
• vykonáva kontrolu citlivosti bunkových substrátov na referenčné poliovírusové kmene používaných v pokuse o izoláciu vírusov a kontrolu bunkových substrátov na prítomnosť kontaminácie mykoplazmami,
• plní všetky úlohy vyplývajúce z odporučení Európskej certifikačnej komisie ECC- Intenzifikácia globálnych polioeradikačných aktivít  SZO,
• spolupracuje s Regionálnym referenčným laboratóriom SZO v Helsinkách a s Regionálnou úradovňou SZO v Kodani  o.i. aj formou pravidelných hlásení v programe Laboratory data managment systém (LDMS),
• zasiela izoláty poliovírusov a netypizovateľných  cytopatických agens na intratypovú diferenciáciu (ITD) do RRL v Helsinkách,
• spolupracuje s národnými referenčnými laboratóriami v Európskej oblasti SZO,
• zúčastňuje sa na realizácii úloh SZO vyplývajúcich z Akčného plánu laboratórneho uchovávania divých   poliovírusov v Euroregióne SZO,
• zúčastňuje sa medzinárodnej kontroly kvality práce organizovanej SZO,
• metodicky vedie a koordinuje prácu spolupracujúcich virologických laboratórií na báze RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici a v Košiciach,
• vykonáva externú kontrolu kvality laboratórnej práce pre spolupracujúce pracoviská na báze RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici a v Košiciach,
• zabezpečuje konzultačnú a publikačnú činnosť a prezentáciu na ústavných, celoštátnych a zahraničných podujatiach.

NRC pre chrípku zabezpečuje najmä tieto činnosti

• metódou izolácie vírusov na bunkových kultúrach monitoruje výskyt  cirkulujúcich  kmeňov vírusu chrípky v populácii a identifikuje ich na úroveň typov, subtypov a variantov
• molekulárno-biologickými metódami zabezpečuje dôkaz nukleovej kyseliny vírusu chrípky a vybraných respiračných vírusov
• zabezpečuje diagnostiku špecifických protilátok proti vírusu chrípky typu A, vírusu chrípky typu B, respiračnému syncyciálnemu vírusu, vírusu parachrípky sérotypov 1, 2 a 3, adenovírusu a vírusu lymfocytárnej choriomeningitídy,
• vykonáva sérologickú diagnostiku nevírusových agensov: Chlamydia psittaci, Coxiella burnetii a Mycoplasma pneumoniae,
• zúčastňuje sa medzinárodnej kontroly kvality laboratórnej práce,
• testuje nové súpravy pre diagnostiku, overuje a navrhuje nové metodiky a pracovné postupy,
• spolupracuje s Referenčným laboratóriom SZO v Londýne,
• je stálym členom európskej pracovnej skupiny pre chrípku EISN pri ECDC, s ktorou aktívne spolupracuje,
• metodicky vedie pracoviská zaoberajúce sa diagnostikou chrípky v RÚVZ Banská Bystrica a RÚVZ Košice,
• organizuje externú kontrolu kvality laboratórnej práce pre pracoviská v RÚVZ Banská Bystrica a RÚVZ Košice
• participuje na odborných projektoch (domácich či zahraničných),
• spolupracuje so SZO na celosvetovom programe surveillance chrípky,
• poskytuje laboratórne údaje formou pravidelných hlásení do sietí SZO a EÚ (ECDC, EISN),
• poskytuje odborné informácie zainteresovaným inštitúciám v rámci SR.

NRC pre morbilli, rubeolu a parotitídu zabezpečuje najmä tieto činnosti

• vykonáva sérologickú diferenciálnu diagnostiku exantémových ochorení,
• zabezpečuje vyšetrovanie biologických vzoriek na dôkaz nukleovej kyseliny vírusu osýpok, rubeoly a parotitídy testom PCR pri  podozrení na uvedené ochorenia,
• vykonáva izoláciu uvedených vírusov na bunkových kultúrach a v spolupráci s Regionálnym referenčným laboratóriom SZO pre osýpky a rubeolu (RKI-Berlín) sa podieľa na bližšej identifikácií izolovaných kmeňov z hľadiska genotypovej príslušnosti,
• vykonáva surveillance osýpok, rubeoly a parotitídy v SR,
• zabezpečuje imunologické prehľady  u vybraných skupín obyvateľstva v danej problematike,
• aktívne sa zúčastňuje na procese eliminácie osýpok vo svete a monitoruje kongenitálny rubeolový syndróm,
• vykonáva konfirmovanie pozitívnych výsledkov laboratórnych vyšetrení vykonaných v  spolupracujúcich laboratóriách na regionálnej úrovni,
• odborne a metodicky vedie laboratóriá na regionálnej úrovni,
• zabezpečuje pravidelnú externú kontrolu kvality vyšetrení vykonaných v týchto laboratóriách,
• vykonáva metodickú, konzultačnú a expertíznu činnosť,
• plní úlohy vyplývajúce z členstva v sieti  národných referenčných laboratórií  pre surveillance osýpok a rubeoly SZO pre Európu,
• úzko spolupracuje s Regionálnym referenčným laboratóriom SZO.

NRC pre meningokoky zabezpečuje najmä tieto činnosti

• vykonáva a zodpovedá za komplexnú fenotypizačnú a genotypizačnú nadstavbovú diagnostiku a konfirmáciu kmeňov N. meningitidis izolovaných z  invazívnych meningokokových ochorení, lokálnych a urogenitálnych infektov, ako aj identifikáciu cirkulujúcich nosičských kmeňov na území celej SR,
• každoročne monitoruje a mapuje situáciu invazívnych meningokokových ochorení, cirkuláciu nosičských kmeňov a jej vývoj na území SR. Porovnáva ju so situáciou v Európe a vo svete,
• pripravuje laboratórne podklady pre epidemiologickú a mikrobiologickú surveillance meningokokových infekcií v SR, 
• zúčastňuje sa na projekte celoeurópskeho surveillance pomocou zberu, analýzy a interpretácie informácií z meningokokovej molekulárnej typizácie a sekvenčných informácií na účely verejného zdravia na úrovni EÚ,
• pomocou WGS detailne genotypizuje hypervirulentné kmene z invazívnych ochorení, sleduje cirkuláciu, distribúciu a vývoj špecifických meningokokových  klonov,
• monitoruje citlivosť, rezistenciu a jej mechanizmy u meningokokov voči vybraným ATB pre profylaktické a terapeutické použitie,
• venuje sa záchytu atypických metabolických fenotypov N. meningitidis a kmeňov spôsobujúcich odlišnú, pre meningokokové invazívne ochorenie, atypickú kliniku,
• zavádza nové progresívne laboratórne metódy zamerané na rýchlu a presnú diagnostiku,
• zúčastňuje sa na aktivitách EMGM (The European Meningococcal and Haemophilus Disease Society), prebiehajúcich projektoch IBD-LabNet (Invasive Bacterial Disease Laboratory Network),
• priebežne zasiela komplexné molekulárne identifikačné charakteristiky invazívnych kmeňov N. meningitidis do európskeho systému EMERT (European Meningococcal Epidemiology in Real Time), PubMLST (Public databases for molecular typing and microbial genome diversity) a do systému EPIS. Dáta klasickej a molekulárnej surveillance invazívneho meningokokového ochorenia hlási do databázy TESSy (The European Surveillance System),
• konzultačne a metodicky usmerňuje spolupracujúcich klinických pracovníkov medicínskych laboratórií, nemocníc a ÚDZS zainteresovaných v problematike meningokokových ochorení, v zmysle manažmentu zasielania biologického materiálu na vyšetrenie, požadovaných analýz, výsledkov, laboratórnej diagnostiky, antibiotickej citlivosti a vakcinačnej stratégie,
• vedie PC databázu všetkých relevantných údajov o všetkých meningokokových ochoreniach vrátane úmrtí a o všetkých izolátoch N. meningitidis na Slovensku,
• udržiava kryo-zbierku kmeňov N. meningitidis izolovaných na území SR od roku 1993,
• venuje sa podpore spoločných vedeckých projektov a auditov,
• pravidelne sa podieľa na odbornej publikačnej a prednáškovej činnosti,
• pravidelne sa podieľa na výukovej činnosti študentov stredných a vysokých škôl v oblasti laboratórnej diagnostiky meningokokov, ktorí v rámci vzdelávacích stáží a exkurzií navštevujú pracoviská ÚVZ SR.

NRC pre sledovanie rezistencie mikroorganizmov na antibiotiká zabezpečuje najmä tieto činnosti

• vykonáva expertíznu činnosť spočívajúcu v hodnotení výskytu bakteriálnej rezistencie na antibiotiká s ohľadom na používanie antibakteriálnych liečiv,
• organizuje, odborne zabezpečuje a vyhodnocuje  pravidelnej štvrťročnej externej kontroly v laboratóriách klinickej mikrobiológie, zaradených do siete zdravotníckych zariadení v SR,
• vytvára celoštátnu databázu údajov o rezistencii, ich spracovanie a prezentácia na internetovej stránke http//www.snars.sk -  Národný informačný systém pre sledovanie rezistencie na antibiotiká,
• zabezpečuje a vykonáva špecializované vyšetrenia ,
• zavádza nové metódy a postupy do laboratórnej praxe.

NRC pre salmonelózy zabezpečuje najmä tieto činnosti

• zabezpečuje laboratórne podklady a koordinuje surveillance salmonelóz v SR,
• vykonáva nadstavbovú a špecializovanú diagnostiku kmeňov salmonel izolovaných z klinického materiálu z hľadiska sérotypizácie  a testovania rezistencie na antibiotiká,
• verifikuje identifikáciu a sérotypizáciu salmonel izolovaných z potravín a z vonkajšieho prostredia,
• spolupracuje s odborom hygieny výživy a pracoviskami mikrobiológie životného prostredia RÚVZ v SR v oblasti sledovania zdravotnej bezpečnosti potravín,
• udržiava zbierku špecifických typových kmeňov salmonel na ďalšie fenotypizačné a génotypizačné vyšetrenia, na detekciu a identifikáciu premeňov nákazy, faktorov prenosu a ciest šírenia salmonelóz,
• zavádza nové progresívne molekulárno-biologické metódy zamerané na rýchlu laboratórnu diagnostiku,
• vykonáva metodickú, konzultačnú a expertíznu činnosť,
• vykonáva externú kontrolu kvality laboratórnej práce - typizácie Salmonella spp. v diagnostických laboratóriách v SR,
• spolupracuje v  medzinárodných sieťach pre surveillance salmonelóz (ECDC, GSS) v programoch detekcie, identifikácie a riešení chorôb z potravín,
• participuje v medzinárodných sieťach pre surveillance salmonelóz (ECDC a Global Salmonella Surveillance).

NRC pre arbovírusy a hemoragické horúčky zabezpečuje najmä tieto činnosti

• vykonáva sérologickú diagnostiku kliešťovej encefalitídy, ako aj konfirmáciu  sporných výsledkov pre iné pracoviská,
• vykonáva sérologickú diagnostiku hemoragických horúčok s renálnym syndrómom spôsobených Hantavírusmi (Puumala a Hantaan/Dobrava),
• vykonáva imunologické prehľady u vybraných skupín obyvateľstva,
• sumarizuje laboratórne výsledky a epidemiologické údaje pre európsku pracovnú skupinu EVD-LabNet,
• zúčastňuje sa externej kontroly kvality laboratórnej práce organizovanej EVD-LabNet.

Laboratórium molekulárnej diagnostiky zabezpečuje najmä tieto činnosti

• spolupracuje s národnými referenčnými centrami a molekulárno-biologickými metódami prispieva k skvalitneniu laboratórnej diagnostiky,
• realizuje metódy molekulárnej biológie na detekciu pôvodcov infekčných ochorení (meningokoky, salmonely, Norovírusy, Astrovírusy, Rotavírusy, vírusy chrípky A, B, respiračných vírusov),
• zabezpečuje PCR a sekvenčné metódy na bližšiu charakterizáciu izolovaných kmeňov,
• metódou PCR vykonáva kontrolu bunkových kultúr na prítomnosť kontaminácie mykoplazmami,
• realizuje metódy na zistenie klonálnej príbuznosti izolovaných mikroorganizmov (PFGE, MLST),
• zúčastňuje sa externej kontroly kvality laboratórnej práce.

Laboratórium bunkových kultúr zabezpečuje najmä tieto činnosti

• zabezpečuje prípravu kvalitných a štandardných bunkových substrátov  pre nadstavbovú mikrobiologickú diagnostiku vybraných nákaz vírusovej etiológie pre NRC laboratória ÚVZ SR a laboratóriá zriadené na báze RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici a so sídlom v Košiciach, čo významnou mierou prispieva k štandardnosti, porovnateľnosti a reprodukovateľnosti výsledkov virologických vyšetrení v rámci uvedených pracovísk,
• udržiava a priebežne rozširuje zbierku bunkových kultúr získaných zo spolupracujúcich laboratórií v rámci celosvetového programu SZO zameraného na eradikáciu, elimináciu a kontrolu celospoločensky závažných infekčných ochorení,
• optimalizuje podmienky kultivácie in- vitro pri dodržiavaní štandardných podmienok z hľadiska špecifických, rastových a kultivačných požiadaviek jednotlivých bunkových línií,
• poskytuje odborné informácie, konzultácie a zaškolenia v oblasti udržiavania a pasážovania bunkových kultúr v podmienkach in-vitro a ich uplatnenia vo virológii.

Laboratórium so stupňom biologickej bezpečnosti pre biofaktory 3 zabezpečuje najmä tieto činnosti

• zabezpečuje preberanie a spracovávanie vzoriek z podozrivých rizikových zásielok a materiálov z vonkajšieho prostredia na diagnostiku vybratých nákaz so stupňom ochrany pre biofaktor 3 (BOZP je zabezpečená používaním prostriedkov OPP),
• zabezpečuje screeningové laboratórne vyšetrenie možnej prítomnosti spór Bacillus anthracis, prípadne iných vybraných biologických agens bakteriálnej a vírusovej etiológie a detekciu prítomnosti génov pre tvorbu toxínov Bacillus anthracis,
• v laboratórnom diagnostickom procese spolupracuje, komunikuje a konzultuje s Informačným centrom pre biozbrane v RÚVZ so sídlom v Banskej Bystrici.

Úsek zabezpečenia laboratórnych a sanitárnych činností zabezpečuje

• centrálny príjem materiálu na OLM,
• internú kontrolu laboratórií a pracovísk OLM,
• prípravu živných pôd, médií a roztokov pre OLM a OOFŽP,
• prípravu sterilného laboratórneho skla a zdravotníckeho materiálu pre OLM a OOFŽP,
• deštrukciu bakteriologického a virologického infekčného materiálu z OLM a OOFŽP,
• sanitárne práce v laboratóriách a priestoroch OLM.

Programy a projekty Odboru lekárskej mikrobiológie

• Číslo úlohy: 6.7
• Názov úlohy: Environmentálna  surveillance  poliomyelitídy  a  sledovanie  VDPV
• Pracovisko, ktoré sa podieľa na plnení úlohy: NRC pre poliomyelitídu

• Číslo úlohy: 8.2
• Názov úlohy: Diferenciálna diagnostika respiračných ochorení
• Pracovisko, ktoré sa podieľa na plnení úlohy: NRC pre chrípku

• Číslo úlohy: 8.6
• Názov úlohy: Diagnostika exantémových ochorení
• Pracovisko, ktoré sa podieľa na plnení úlohy: NRC pre morbilli, rubeolu a parotitídu

Organizačné členenie odboru lekárskej mikrobiológie

 Odbor lekárskej mikrobiológie sa organizačne člení na:

Národné referenčné centrá:

• NRC pre chrípku,
• NRC pre poliomyelitídu,
• NRC pre meningokoky,
• NRC pre morbilli, rubeolu a parotitídu,
• NRC pre sledovanie rezistencie mikroorganizmov na antibiotiká,
• NRC pre salmonelózy,
• NRC pre arbovírusy a hemoragické horúčky.

Špecializované laboratóriá:

• Laboratórium molekulárnej diagnostiky,
• Laboratórium bunkových kultúr,
• Laboratórium so stupňom biologickej bezpečnosti pre biofaktory 3

Úsek zabezpečenia laboratórnych a  sanitárnych činností

• Centrálny príjem materiálu,
• Prípravovňa kultivačných pôd a roztokov,
• Deštrukcia infekčného materiálu a príprava laboratórneho skla a zdravotníckeho materiálu pre bakteriológiu,
• Deštrukcia infekčného materiálu a príprava laboratórneho skla a zdravotníckeho materiálu pre virológiu,
• Sanitárne práce v laboratóriách a ostatných priestoroch odboru LM.

 

• Osvedčenie o akreditácii OLM (pdf, 289 kB)
• Rozsah akreditácie OLM (RA) (pdf, 201 kB)
• Neakreditované skúšky (pdf, 105 kB)

Prehľad zastúpenia NRC v EU a WHO sieťach pre surveillance prenosných ochorení

• NRC pre chrípku (Mgr. Edita Staroňová, PhD.)
  názov siete: European Influenza Surveillance Network, EISN
  hlásenie do informačného systému:
  The European Surveillance System - TESSY (ECDC),
  WHO/Europe influenza surveillance - EUROFLU (WHO)
  nadnárodné laboratórium: NIMR World Influenza Centre, Londýn  (WHO)
• NRC pre poliomyelitídu (Mgr. et Mgr. Katarína Patuchová)
  názov siete: Polio Laboratory Network WHO European Region
  hlásenie do informačného systému: Laboratory Data Management System -  LDMS
  nadnárodné laboratórium: Regional Reference Laboratory Helsinki, Finland
• NRC pre meningokoky (RNDr. Anna Kružlíková)
  názov siete: European Invasive Bacterial Diseases labnet - EU-IBD labnet
  ​​​​​​European Meningococcal Disease Society - EMGM
  hlásenie do informačného systému: European Meningococcal Epidemiology in Real Time  - EMERT The European Surveillance System - TESSY (ECDC)
  Konzultačné  laboratórium: NRC pre meningokokové nákazy, Praha
• NRC pre MMR (RNDr. Alexandra Polčičová)
  názov siete: European Regional Measles/Rubella Laboratory - WHO/EURO –EMRLN
  hlásenie do informačného systému: The Centralized Information System for Infectious Diseases - CISID
  nadnárodné laboratórium: NRC MMR Koch Institut, Berlín
• NRC pre sledovanie rezistencie mikroorganizmov ATB (Doc. MUDr. Milan Nikš, CsC)
  hlásenie do informačného systému ECDC: EARS-Net-European Network of National
  Surveillance Systems on Antimicrobial Resistance for Publick Health Purposes,
  zber dát do národného informačného systému SNARS
• NRC pre salmonelózy (MUDr. Dagmar Gavačová)
  názov siete: WHO Global Food Net GFN,
  hlásenie do informačného systému: GFN
  Európska  sieť pre surveillance chorôb z potravín a vody ECD
  nadnárodné laboratórium: WHO-NHI Kodaň, Dánsko,
  WHO Collaborating Centre for Reference and Reasearch on Salmonella, Institute Pasteur, Paríž, Francúzsko,
  CDC Atlanta, Giorgia, USA,
  CRL pre Salmonely RIVM, Holandsko,
  HPA, Collindale Ave, Londýn, Veľká Británia
• NRC pre arbovírusy a hemoragické horúčky (RNDr. Elena Tichá, PhD.)
  názov siete: European expert laboratory network for emerging viral diseases, EVD – LabNet.
  - zastúpenie a hlásenie do siete v spolupráci s Virologickým ústavom SAV